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黄素单核苷酸广泛分布于生物界中，和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)一样，对呼吸等生物氧化过程的电子传递起着重要的作用，即作为黄素酶的辅酶，以与酶蛋白(Apo-enzyme)的结合状态，参与电子从底物向电子接受体的传递。核黄素5′-磷酸盐和核黄素有同样的吸收光谱，在生物体内通过核黄素激酶的作用，经由核黄素和ATP合成。可为磷酸酶水解，而形成核黄素和磷酸。

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